A Bíblia ensina o batismo de crentes (ver Marcos 16:16, Atos 8:36-37). E nos primeiros séculos, o batismo cristão era por imersão. O conceito de batismo infantil não é especificamente encontrado na Bíblia.

A igreja primitiva começou a batizar crianças por causa da ideia de que as crianças nascem em pecado e precisam do batismo imediato para garantir sua salvação. Na época da Reforma, porém, Martinho Lutero redescobriu a verdade bíblica de que a regeneração espiritual e a justificação são pela fé. Um bebê não pode exercer fé. No entanto, como muitos dos que se tornaram seus seguidores já haviam sido batizados quando crianças na Igreja Católica Romana, Lutero não exigiu que eles fossem batizados novamente. Na verdade, ele continuou a batizar filhos de crentes.

Quando João Calvino entrou em cena em Genebra, ele ensinou o que é conhecido como "teologia da aliança". De acordo com a teologia do convênio, se os pais entraram em um relacionamento de convênio com Deus, então seus filhos também fazem parte do convênio e são candidatos adequados ao batismo quando crianças.

Nas igrejas que praticam o batismo infantil, geralmente há algum tipo de rito de confirmação no qual uma criança de dez, onze ou doze anos reafirma a fé dos pais expressa em seu batismo.

Alguns teólogos da Reforma discordaram fortemente do batismo infantil. Eles afirmavam que as pessoas deveriam ser batizadas apenas como crentes, porque o batismo é um símbolo da morte, sepultamento e ressurreição de Jesus (ver Romanos 6:4, Colossenses 2:12). O batismo para eles era o fim da velha vida e o início de uma nova vida em Cristo. Já que um bebê não tem uma vida velha para lidar, eles afirmam, se alguém foi batizado quando criança, ele precisa ser batizado novamente como um crente adulto. Essas pessoas foram chamadas de "anabatistas", que significa "rebatizadores".

Hoje ainda há desacordo sobre a forma adequada de batismo. Mas, cada vez mais, as igrejas metodistas, presbiterianas e algumas outras igrejas que historicamente têm praticado o batismo infantil estão olhando de novo tanto para a qualificação de um candidato ao batismo quanto para o modo de batismo. Muitas pessoas, mesmo que tenham sido batizadas quando crianças, estão sendo rebatizadas por imersão como crentes adultos.